В единый госреестр по поручению Президента должны быть внесены сведения о всех границах особо охраняемых природных территорий федерального значения. Парк «Шантарские острова» был создан в 2013 году. Трудно-доступность позволила сохранить природу во всей ее первозданности. Уникальность Шантар состоит в том, что они являются единственным местом на планете, где можно найти растения, которые «прописались» там ещё до ледникового периода.
Всего на территории региона расположены 13 особо охраняемых территорий федерального значения.